Онтогенез обычно не является рекапитуляцией филогенеза

Тот факт, что онтогенез не является простой рекапитуляцией филогенеза, достаточно общепризнан даже при том, что общие параллели находятся в изобилии. Чтобы понять, что означает явление рекапитуляции в том смысле, в каком его определил аналитическим путём Геккель, мы используем простую схему. Чтобы произошла истинная рекапитуляция, дополнение должно было бы возникнуть в конце исходной, или предковой последовательности появления признаков или на возможном продолжении траектории. На рисунке 6 у нас изображены четыре вида, каждый из которых характеризуется обычным путём индивидуального развития, состоящим из первого шага, M1-M1. У каждого вида новая стадия добавляется в конце последовательности. В этом идеальном случае вид с наиболее специализированным состоянием, вид «D», сохраняет в своём онтогенезе последовательность эволюционных преобразований, которые совершились путём добавления новых стадий в конечные этапы развития. В ходе эволюции случаются отклонения от гипотетического хода рекапитуляции, что признавал и сам Геккель. Эти изменения означают, что последовательность появления признаков в цепочке может сдвигаться, один или больше признаков могут исчезать, или же может возникнуть совершенно новый признак. Эти изменения иногда настолько драматичны или считаются настолько важными, что их рассматривают как эволюционные новшества; так произошло в случаях происхождения волос у млекопитающих или перьев у динозавров. Существуют различные виды отклонений от рекапитуляции, среди них гетерохрония (изменения во времени появления) и гетеротопия (изменения в пространственном расположении в структуре).

^{Рисунок 6. Последовательный характер добавления новых признаков на конечных стадиях в эволюции онтогенетических последовательностей приводит к онтогенетической рекапитуляции, но имеются отклонения от этого способа преобразований. По W?gele 2005, с изменениями.}

Некоторые палеонтологи исследовали эволюционные преобразования, документированные ископаемыми остатками, и сравнили их непосредственно с онтогенетическими преобразованиями, отыскивая параллели или их отсутствие. Например, изменения в развивающемся черепе эмбрионов аллигаторов очень схожи с теми, которые наблюдаются в ряду ископаемых остатков ранних крокодилов. Это сходство не просто поверхностное, но соотносится со статистически существенной корреляцией в порядке, в котором в обеих последовательностях происходят дискретные изменения тех же самых признаков. Итак, несомненно, что существуют параллели между онтогенезом и летописью окаменелостей, показывающих морфологические изменения в некоторых структурах у некоторых животных. Но это исключения.